#利用polyA.pl去除AAAAA, 下面为１.sh文件　简写版本
for i in *fastq
do
echo $i
perl polyA.pl $i ./f/$i”_f.fastq” ./b$i”_bad.fastq” 6 3
done

#复杂的
COLarray=(“COL01”)
Subarray=(“ROW01” “ROW02” “ROW03”)

for i in ${Subarray[]}
do
for m in ${COLarray[]}
do
echo $(date +”%b %d %T”)” ….. Trimming Poly A for “$m”“$i
perl polyA.pl $m”“$i”R2.fastq” $m”“$i”R2.fastq2” $m”“$i”_R2_bad” 6 3
done
wait
done

在ｓｈｅｌｌ中输入bash 1.sh 即可

备注：
１．　$代表变量，无需“”；只有如　_ 需要加入“”，如“－”
２．　ｐｅｒｌ没有加入环境变量，需要加入；

此外还可以利用
ls _R2.fastq | while read id; do perl polyA.pl $id ./filter/${id%.} ./bad/${id%.*} 6　3　
进行循环处理

ls _R2.fastq | while read id; do perl polyA.pl $id ./filter/${id%._f.fastq} ./bad/${id%.*_b.fastq} 6 3

如上述有问题，试试手打代码进行尝试！！！可能是复制代码过程中遇到了问题。。。

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请我吃糖果吧，谢谢你！

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