Lecture9: 根据指定染色体及坐标得到参考碱基
本系列题目出自生信技能树，仅在博客记录学习过程和思路。
lec9目标：获取上面指定染色体上指定碱基的位置。。。

参考序列：

chr_1
ATCGTCGaaAATGAANccNNttGTA
AGGTCTNAAccAAttGggG
chr_2
ATCGAATGATCGANNNGccTA
AGGTCTNAAAAGG
chr_3
ATCGTCGANNNGTAATggGA
AGGTCTNAAAAGG
chr_4
ATCGTCaaaGANNAATGANGgggTA

解题思路：1、导入pysam包，2、用pysam包读取fasta文件，3、输出对应信息。

代码：

###import module
import os, pysam

###change directory if necessary
os.chdir(“./“)

###read fasta file use pysam
hg19 = pysam.FastaFile(“chrome.fasta”)
dir(hg19) #list methods

###print the 6th on chr_3
print(hg19.fetch(“chr_3”)[5])

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