Fastq是二代测序中常用的原始序列文件格式。相比于FASTA文件多了质量（q）参数；
解压fastq.gz 用 gunzip [filename]
查看fastq文件用 less -S 【filename】
R1 reads
@ST-E00298:149:HWCHHCCXX:6:1101:10571:2891 1:N:0:CTCTCTAC
TTTAAGAACAGCCCTCCCATCTTAGCAATGTCCCGGGGTGGCTGGAGCCACGGTCACTTCTTGGTCCTGGTCCAGAACTGTCGGTAGCGCTCCACATGCAAGTCATCACTGAGCTCCTGCTCGTACTCCTTCCTCGACTGGAGCTGAGCC
+
AAFFFKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKFKKKKFKKK
R2 reads
@ST-E00298:149:HWCHHCCXX:6:1101:10571:2891 1:N:0:CTCTCTAC
TTTAAGAACAGCCCTCCCATCTTAGCAATGTCCCGGGGTGGCTGGAGCCACGGTCACTTCTTGGTCCTGGTCCAGAACTGTCGGTAGCGCTCCACATGCAAGTCATCACTGAGCTCCTGCTCGTACTCCTTCCTCGACTGGAGCTGAGCC
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AAFFFKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKK
示例：
@EAS139:136:FC706VJ:2:5:1000:12850 1:Y:18:ATCACG
AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
+
BBBBCCCC?
因此@EAS139:136:FC706VJ:2:5:1000:12850 1:Y:18:ATCACG可以解释为：
测序仪id为EAS139
run number：136
flowcell ID：FC706VJ
lane：2
tile：5
x_pos：1000
y_pos：12850
read：1，代表是单端测序
is filtered：Y，代表是filtered
control number：18
index sequence：ATCACG
Phred quality score是用来测定DNA自动测序中每个核算的测序质量的。它最早是为了人类基因组计划中的程序Phred base calling而开发的。
公式
Q = -10 * log10(P) <==> P = 10 ^(-Q/10)
这里Q为Phred quality score，P为base-calling的error probabilities（错误率）。
ASCII
ASCII（American Standand Code for Information Interchange），是一套计算机编码系统。
