pysam是一个处理基因组数据的python模块，它打包了htslib-1.3、samtools-1.3 和 bcftools-1.3的核心功能，能在编程时非常灵活的处理bam和bcf文件。

pysam的安装和使用方法：
大概步骤是先安装pip，再安装pysam，最后学习pysam的具体使用。。。

1. Google直接搜索pip, 在Python官网直接下载pip 链接为https://pypi.python.org/pypi/pip
   pip-9.0.1.tar.gz (md5, pgp)

2. 在上面的pip python首页下载pip 包(pip-1.4.1.tar.gz)，使用 “ tar -xvf pip-1.4.1.tar.gz” 解压，cd 进文件夹，使用 “python setup.py install” 命令安装软件。（如果你不想使用pip安装软件包，也可以用此方法下载、解压后使用 “python setup.py install”安装！）
   代码：
   $ tar -xvf pip-1.4.1.tar.gz
   $ cd pip-1.4.1/
   $ sudo python setup.py install

3. sudo pip3 install pysam ###安装pysam

4. 在shell 下 输入python
   import os，pysam
5. pysam 的实际应用
   http://www.biotrainee.com/thread-286-1-1.html ##很好用！！！

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